Шэй Патрик Кормак начинает путь как ассасин, но после тяжёлого разрыва с Братством становится тамплиером и охотником на своих бывших союзников. Сюжет показывает знакомый конфликт с противоположной стороны и связывает события нескольких частей серии.
Игрок путешествует по холодным водам Северной Атлантики, речным долинам и Нью-Йорку XVIII века. Корабль «Морриган» участвует в морских боях среди льдов, а на суше Шэй использует навыки ассасина и новое оружие для поиска и устранения целей.