Пугало возвращается в Готэм и объединяет Пингвина, Двуликого, Харли Квинн и других противников, чтобы уничтожить Бэтмена. Эвакуированный город становится ареной последней большой схватки Тёмного рыцаря с угрозой, которая затрагивает весь Готэм.
Игрок исследует открытый город, перемещается по крышам, ведёт рукопашные бои, действует скрытно и расследует преступления. Впервые в серии Бэтмобиль становится полноценной частью прохождения: на нём можно быстро ездить по улицам и участвовать в отдельных боевых и сюжетных эпизодах.